Năm 1997, xung đột giữa 2 phe Hun Sen và Norodom Ranariddh lên đến đỉnh điểm. Nhiều người bị thương vong ở cả 2 phe. Phía chỉ trích Hun Sen cho rằng đây là cuộc đảo chính do Hun Sen dàn dựng để loại đối thủ chính trị của mình. Nhiều phóng viên phương Tây, trong đó có Thomas Hammaberg - đặc phái viên về nhân quyền của Liên Hợp Quốc tại Campuchia - gọi đây là cuộc đảo chính. Ngược lại phía ủng hộ Hun Sen tố cáo Đảng FUNCINPEC tìm kiếm hỗ trợ từ Khmer Đỏ.

Ngày 5 tháng 7 năm 1997 tại tỉnh Kampong Speu, các binh sĩ thân Hun Sen do Đại tướng Ke Kim Yan chỉ huy bao vây doanh trại của các binh sĩ thân Ranariddh do Đại tướng Nhek Bun Chhay chỉ huy. Ke Kim Yan cố gắng thuyết phục Nhek Bun Chhay bàn giao doanh trại lại cho mình nhưng thất bại. Cùng lúc đó lực lượng quân cảnh thân Hun Sen tiến vào nhà ở của tướng Chao Sambath - một lãnh đạo cấp cao của FUNCINPEC, và yêu cầu binh lính thân FUNCINPEC hạ vũ khí. Tướng Nhek Bun Chhay ra lệnh nổ súng tấn công phe tướng Ke Kim Yan gây nhiều tổn thất cho cả 2 bên. Xung đột lan ra tới đồn quân sự Taing Krassang và Sân bay Quốc tế Phnom Penh nơi tập trung nhiều lực lượng thân Ranariddh.

Thủ tướng Hun Sen khi đó đang nghỉ dưỡng tại Vũng Tàu, Việt Nam đã nhanh chóng về nước và ra lệnh các đơn vị cận vệ của mình tham chiến. Lính FUNCINPEC cố gắng tấn công lính Hun Sen 2 lần nhưng thất bại nặng nề. Lính FUNCINPEC sau đó rút lui về tỉnh Oddar Meancheay. Phe thân Hun Sen nhanh chóng làm chủ Thủ đô Phnom Penh. Phe thân Ranariddh liên minh với Khmer Đỏ tại miền bắc Campuchia tiếp tục chiến đấu với phe thân Hun Sen cho đến tận khỏang tháng 9 năm 1997 mới chấm dứt.

Sau khi thất bại trước Hun Sen, cựu thủ tướng Norodom Ranariddh lưu vong sang Pháp. Nhiều lãnh đạo cấp cao của FUNCINPEC bị giam giữ. Hun Sen thâu tóm quyền lực. Dù vậy lúc đó Hun Sen vẫn chưa trở thành Thủ tướng duy nhất của Campuchia, mà chức vụ này do Ung Huot (đảng viên FUNCINPEC) đảm nhận cho đến cuộc bầu cử năm 1998.

Năm 1998 Campuchia tiến hành Tổng tuyển cử lần nữa, các nhà lãnh đạo FUNCINPEC và hoàng thân Norodom Ranariddh chính thức trở về lại quê hương tham gia tranh cử. Lần này Đảng Nhân dân Campuchia của Hun Sen chiếm 41% phiếu bầu, Đảng FUNCINPEC của Norodom Ranariddh chiếm 32% phiếu bầu và Đảng Sam Rainsy chiếm 13% phiếu bầu. Tuy nhiên cuộc bầu cử bị chỉ trích là gian lận và thiên vị cho phe Hun Sen. Kết quả là Hun Sen trở thành Thủ tướng Campuchia thay cho Ung Huot. Hun Sen giữ chức vụ này từ năm 1998 đến ngày nay.